La storia, ambientata negli anni ’20, narra delle avventure del Jacob Störr, capitano di una nave mercantile, che quasi per scommessa accetta di proporsi alla prima donna che avesse fatto il suo ingresso nella taverna di porto da lui abitudinalmente frequentata. Ed è così che il capitano Störr si ritrova, come un pesce fuor d’acqua, in un appartamento di Parigi con Lizzy, la sua giovane, avvenente e misteriosa sposa.
La storia, ambientata negli anni '50, racconta l'indimenticabile estate vissuta dalle sorelle Satsuki e Mei (la prima di 11 anni e la seconda di 4) , trasferitesi assieme al padre a Matsu no Gô, un piccolo villaggio di campagna circondato da foreste, campi coltivati, fiumi e molte risaie, lontanissimo dagli stereotipi del Giappone supertecnologico, per stare più vicine alla madre, ricoverata in ospedale per una malattia. La piccola Mei, dopo aver esplorato la casa e i dintorni, s'imbatte in una piccolo e curioso animaletto bianco con due buffe orecchie:seguendo le sue tracce, giunge ad un altissimo albero di canfora al cui interno vive Totoro, lo spirito dei boschi, una enorme creatura pelosa e morbida. Totoro si dimostrerà gentile con le due bambine e permetterà loro di ritrovarsi quando Mei, allontanatasi per portare un regalo alla madre, si perderà nel dedalo di stradine in mezzo al verde.
Sotto il pavimento di una grande casa nella campagna di Tokyo, vive la quattordicenne Arrietty con la madre e il padre. Sono una famiglia di “rubacchiotti”, alti dieci centimetri, che prendono in prestito dagli umani tutto ciò che serve loro per sopravvivere ma in piccolissime quantità, in modo che nessuno se ne accorga e possa scoprire la loro esistenza. Arrietty, però, in una delle sue incursioni nel giardino della casa viene vista da Sho, un ragazzino umano di 12 anni che soggiorna lì, presso la zia, in attesa di una rischiosa operazione al cuore. Nonostante la cosa scateni il terrore nei genitori, che si preparano immediatamente a traslocare, Arrietty capisce di potersi fidare di Sho e tra i due nasce una breve ma importante amicizia.
